通关并击败四大天王及冠军后，游戏的主线剧情并未结束，玩家将进入内容丰富且探索自由度更高的篇章，其核心是从博士处升级全国图鉴并获取前往七岛探险的船票。首先需要确认是否已满足前置条件，即至少捕获60种不同的宝可梦，然后返回真新镇与大木博士对话，成功将关都图鉴升级为全国图鉴（386版），这是开启后续所有岛屿剧情的关键一步。完成升级后，前往枯叶市的码头，此时可以出示从博士处获得的船票，乘船前往一系列全新的岛屿区域进行探索。
抵达第一个岛屿后，玩家会发现全新的任务线等待完成。在1号岛的火焰山右侧，需要击败守卫的火箭队成员，进入山洞深处利用秘传机怪力推动岩石机关，最终取得关键道具红宝石。将此宝石带回1号岛的宝可梦中心交给博士，便能正式激活前往其余岛屿的航行能力。随后的旅程将引导玩家依次探索各个岛屿，例如在4号岛会再次遭遇劲敌，并可以访问宝可梦饲育屋；在特定岛屿的冰洞中，不仅能取得秘传机登瀑布，还会遇见并协助四天王之一的科拿击退火箭队残余势力，从而获得进入隐藏区域的口令。
游戏中先前被卡比兽阻挡的道路，在通关后将成为可探索的新区域，但唤醒卡比兽需要完成特定的剧情任务。关键道具宝可梦笛子通常需要通过紫苑镇宝可梦塔的剧情获得，使用该道具唤醒并移开沿途的卡比兽后，便能前往诸如华蓝市左侧洞穴等此前无法到达的地点。这些新开放的区域往往隐藏着强大的野生宝可梦、珍贵道具或是推进剧情的重要线索，是完成全图鉴收集和深入探索关都地区必不可少的环节。
玩家将陆续接到一系列任务，包括寻找被抢走的蓝宝石、解决岛屿上的各种事件等。需要前往5号岛并利用冲浪术探索周边水域，从特定人物处获得宝可梦的蛋；还需潜入火箭队的研究基地，击败研究人员夺回蓝宝石。当红蓝宝石均交付给博士后，所有岛屿的通行将完全解锁，玩家可以自由往返于关都地区和七岛之间，挑战遍布岛屿的训练师，捕捉在关都地区未见过的宝可梦种类，并探索诸如训练师之塔、遗迹等特殊设施。
完成七岛的主要剧情并集齐所有徽章后，真正的终极挑战与收集目标方才显现。游戏中最强大的传说宝可梦之一超梦的捕捉位置随之开放，玩家可以返回华蓝市，进入其左侧曾经有人把守的洞穴深处进行挑战与捕获。诸如三神鸟等传说宝可梦也分布在各个岛屿的隐秘地点，等待玩家去发现。通关后的练级效率最高地点通常也转移到了诸如光辉之路或高级别的岛屿区域，便于玩家培养队伍以应对这些高难度战斗。
彻底完成二周目所有岛屿剧情、捕捉关键神兽、并达成一定的收集度后，便意味着为开启更深度的游戏内容（常被玩家称为三周目）做好了准备。这并非一个自动触发的明确章节，而是指在彻底结束二周目流程后，玩家可自由进行的所有终极目标，例如完成全国图鉴的收集、挑战对战设施、以及通过特定方式寻找如代欧奇希斯等极为稀有的幻之宝可梦，这些内容构成了游戏通关后持久可玩性的核心。
